للأبالیس المسترقه، کتاب خلاص المبتدئین من حیره المجادلین، کتاب نور الیقین و بصیره العارفین، کتاب الفسخ علی من أجاز النسخ لما تم نفعه و حمل شرعه، کتاب إزاله الران عن قلوب الإخوان، کتاب إیضاح خطإ من شنع علی الشیعه فی أمر القرآن، کتاب الظلامه لفاطمه ع، کتاب رساله البشاره و النذار و الاستنفار إلی الجهاد، کتاب علم النجابه فی علم الکتابه، کتاب التراقی إلی أعلی المراقی، کتاب وعظ المشترط،

کتاب نثر طوبی، کتاب المسح علی الخفین، مناسک الحج، کتاب مفرد فی النکاح، کتاب مناسک الحج، کتاب اللطیف، کتاب أشکال جمله المواریث، کتاب فرض المسح علی الرجلین، کتاب زکاه العروض، کتاب الحاسم للشیعه فی نکاح المتعه، کتاب الانتصاف من ذوی الانحراف عن مذهب الأشراف فی مواریث الأخلاف، کتاب نقض ما نقضه الزجاجی النیشابوری علی أبی محمد الفضل بن شاذان، رحمه الله، مسأله فی وجوب الغسل علی المرأه إذا أنزلت ماءها فی یقظه أو نوم، و له مسائل کثیره. و سمعت شیوخنا الثقات یقولون عنه: إنه کان یقول بالقیاس، و أخبرونا جمیعا بالإجازه لهم بجمیع کتبه و مصنفاته». و قال الشیخ (۶۰۲): «محمد بن أحمد بن الجنید: یکنی أبا علی، و کان جید التصنیف حسنه، إلا أنه کان یری القول بالقیاس، فترکت لذلک کتبه، و لم یعول علیها، و له کتب کثیره، منها: کتاب تهذیب الشیعه لأحکام الشریعه، کبیر، نحوا من عشرین مجلدا، یشتمل علی عدد کتب الفقه علی طریقه الفقهاء، و کتاب المختصر الأحمدی للفقه المحمدی، فی الفقه مجردا، و کتاب سبیل الفلاح لأهل النجاح، و کتاب نور الیقین و بصیره العارفین، و کتاب تبصره العارف و نقد الزائف، و کتاب الأسفار و هو الرد علی المؤبده، و کتاب حدائق القدس فی الأحکام التی اختارها لنفسه، و کتاب تنبیه الساهی بالعلم الإلهی، و کتاب استخراج المراد من مختلف الخطاب، و کتاب الشهب المحرقه للأبالیس المسترقه یرد فیه علی أبی